La HEFSM dispose d'une structure fonctionnelle. Le rectorat chapeaute quatre sections et un état-major.

Les sections Sport d'élite, Enseignement et pédagogie du sport et Economie du sport couvrent l'enseignement des sciences du sport, la recherche et le développement ainsi que les prestations. La Formation des entraîneurs assure la formation et la formation continue des entraîneurs de sport d’élite et de sport de performance en Suisse. 

Un état-major, auquel est rattachée la médiathèque du sport, un secrétariat ainsi qu'un service de communication soutiennent le rectorat dans l'accomplissement de ses tâches.