La HEFSM dispose d'une structure fonctionnelle. Les sections Sport d'élite, Education physique et Economie du sport couvrent l'enseignement des sciences du sport, la recherche et le développement ainsi que les prestations. La Formation des entraîneurs assure la formation et la formation continue des entraîneurs de sport de performance et de sport d’élite en Suisse. 

En outre, la HEFSM comprend des services spécialisés qui réunissent les différents domaines de compétences, une organisation des études de sport, un état-major auquel est rattachée la médiathèque du sport, un secrétariat,  ainsi qu'un service de sport dans l'armée.