Le rayonnement de la HEFSM repose principalement sur les liens étroits qui la lient à l'OFSPO, à Swiss Olympic et à la Haute école spécialisée bernoise.

L'Office fédéral du sport OFSPO encourage le sport et ses valeurs au profit de toutes les catégories d'âge et de tous les niveaux de performance, sans distinction sociale ni culturelle. Il constitue le centre de compétences de la Confédération en matière de sport. Le sport et l'activité physique jouant un rôle de plus en plus important dans la société, l'OFSPO veille au développement de la politique sportive nationale. Il se concentre sur les aspects politiques, pédagogiques et scientifiques du sport et constitue un centre de prestations, de formation et d'entraînement pour le sport d'élite, le sport de performance et le sport populaire. 

La Haute école fédérale de sport de Macolin HEFSM est une des unités de l'OFSPO. Elle assume des tâches qui concourent à un encouragement global du sport. Les autres unités de l'OFSPO sont la Politique du sport et les ressources internes, le Sport des jeunes et des adultes, le Centre national de sport de Macolin et le Centre sportif national de la jeunesse de Tenero.

Swiss Olympic est à la fois le Comité Olympique suisse et l’association faîtière des fédérations sportives suisses, qui représentent les sports olympiques et non olympiques. Elle a été créée à la suite d'une fusion de l'Association suisse du sport (ASS) et du Comité olympique suisse (COS) avec intégration simultanée du Comité national pour le sport d'élite (CNSE).

L'OFSPO et Swiss Olympic ont signé une convention de collaboration qui règle notamment les prestations que la HEFSM fournit en faveur de Swiss Olympic. Celles-ci comprennent notamment les prestations de sciences du sport en faveur du sport de la relève dans le sport de compétition, le développement et l'encouragement du sport de la relève et de la formation (continue) des entraîneurs, et les prestations dans le domaines des sciences de l'entraînement, de la médecine du sport, de la physiothérapie du sport, de la psychologie du sport ainsi que de l'alimentation.

La Haute école spécialisée bernoise HESB est l'une des sept hautes écoles spécialisées suisses. Elle prépare à l'exercice d'activités professionnelles qui requièrent l'application et le développement de connaissances et de méthodes scientifiques ou appellent une capacité de création artistique. La formation et la formation continue de la HESB de même que ses activités de recherche et de développement sont axées sur la pratique.

La HEFSM est rattachée à la HESB depuis 1998. En 2022 les deux hautes écoles ont signé un accord d’association en conséquence pour continuer la relation étroite. Grâce aux échanges entre les rectorats et à l'intégration de la HEFSM aux commissions Enseignement, Recherche, Egalité des chances, Formation continue et Evaluation et Développement de la qualité de la HESB, la HEFSM participe aux échanges interdisciplinaires au niveau des hautes écoles et dispose d'un système de référence avec des structures propres à une haute école. La HEFSM collabore étroitement avec différents départements de la HESB dans le cadre de projets de développement.