Der Aufbau der EHSM folgt einer funktionalen Struktur. Das Rektorat führt vier Ressorts und den Stab.

Die Ressorts Leistungssport, Lehre und Sportpädagogik und Sportökonomie stellen die sportwissenschaftliche Lehre, Forschung und Entwicklung sowie Dienstleistung sicher. Die Trainerbildung sorgt für kompetente Aus- und Weiterbildung von Trainerinnen und Trainern im Schweizer Leistungs- und Spitzensport.

Der Stab, dem die Sportmediathek angehört, das Sekretariat und die Kommunikation unterstützen das Rektorat in der Ausübung seiner Aufgaben.